Công Phượng gia nhập Yokohama FC từ đầu năm 2023 nhưng chỉ có một phút ra sân trong trận thua 2-3 trước Nagoya Campus tại J-League Cup. Trong Giải vô địch quốc gia Nhật Bản (J-League 1), anh không được đăng ký tham gia bất kỳ trận đấu nào trong suốt 34 vòng đấu.
Mùa giải 2023 của Yokohama FC không mấy thành công khi họ xếp cuối bảng và xuống hạng J-League 2. Điều này dẫn đến việc câu lạc bộ tiễn đưa nhiều cầu thủ cốt cán. Có thể lẽ đó là lý do mà Yokohama FC quyết định giữ chân Công Phượng mặc dù anh ít có cơ hội thi đấu.
Điều này có thể tạo cơ hội mới cho Công Phượng. Chơi ở một giải đấu có trình độ thấp hơn và cạnh tranh vị trí ít hơn, anh có hy vọng sẽ có cơ hội ra sân thường xuyên hơn.
Trong thời gian tập trung chuẩn bị cho VCK Asian Cup 2023, HLV Philippe Troussier không triệu tập Công Phượng. Trước đó, trong tháng 9, trong các ngày FIFA Days, ông đã mời anh tham gia tuyển dù anh không được ra sân nhiều ở CLB.
Lúc đó, HLV người Pháp đã giải thích rằng Công Phượng là một cầu thủ xuất sắc, có trình độ cao hơn nhiều so với nhiều cầu thủ chơi chính ở V-League. Ông Troussier còn để Công Phượng thi đấu trong trận giao hữu với CLB Hải Phòng. Trong trận đấu đó, cầu thủ của Yokohama FC đã ghi bàn dù đội tuyển Việt Nam đã nhận thất bại 1-2.
Tuy nhiên, khi trở lại CLB, Công Phượng vẫn không nhận được sự tin tưởng từ ban huấn luyện. Điều này khiến anh phải ngồi nhà trong kỳ Asian Cup lần này.
