Filip Nguyễn từng được gọi vào danh sách của đội tuyển quốc gia Cộng hòa Séc, anh vẫn chưa có phút thi đấu nào cho CH Séc vì thế anh được phép khoác áo một đội tuyển quốc gia khác. Tuy anh sinh ra và lớn lên tại Cộng hòa Séc, nhưng thông qua việc ba anh có nguyên quán từ Việt Nam, Filip Nguyễn sẽ giữ quốc tịch của cả hai quốc gia, Việt Nam và Cộng hòa Séc.
Vị trí thủ môn trong đội tuyển Việt Nam có thể trở nên cạnh tranh hơn khi có sự xuất hiện của Filip Nguyễn. Sự hiện diện của một thủ môn có kinh nghiệm và chất lượng như Filip Nguyễn có thể tạo ra sự cạnh tranh lớn trong đội hình, đồng thời thúc đẩy các thủ môn khác nỗ lực và cải thiện để có cơ hội ra sân trong đội tuyển quốc gia. Sự cạnh tranh này có thể giúp củng cố và nâng cao chất lượng của đội tuyển Việt Nam ở vị trí thủ môn.
Filip Nguyễn từng thi đấu cho các đội trẻ của Loko Vltavín trước khi gia nhập Sparta Praha vào năm 2012.[1] Năm 2013, Filip được đôn lên đội một của Sparta Praha với vai trò thủ môn dự bị. Năm 2016, Filip từng về Việt Nam thử việc tại Thanh Hóa. Tuy nhiên, sau gần 1 tháng anh đã không thể gia nhập đội bóng này vì vướng mắc thủ tục nhập tịch Việt Nam. Tháng 2 năm 2018, Filip đạt được thỏa thuận và chuyển đến Slovan Liberec.[3] Mùa giải 2018–19, anh trở thành thủ môn số một của đội và ra sân 25 lần, giữ sạch lưới 12 trận và nhiều lần được bầu chọn vào đội hình tiêu biểu. Ngày 26 tháng 6 cùng 2023, Filip Nguyễn chính thức gia nhập CAHN theo diện chuyển nhượng tự do. Hợp đồng của anh với đội bóng có thời hạn ba năm, kèm điều khoản ưu tiên gia hạn.
